La Facultad de la Universidad del Norte de Caacupé abrió sus puertas el 16 de marzo del año 1999 en una sala de la Gobernación de Cordillera.
Las primeras carreras habilitadas fueron Administración de Empresas (65 alumnos), Ciencias de la Educación (40 alumnos) y Derecho y Escribanía Pública (60 alumnos).
Al año siguiente, en el 2000, se habilitó la carrera de Ciencias Contables. En aquel entonces cumplían la función de Dirección Académica la Lic. Mirta Frutos de Caballero, como Delegado Administrativo el Lic. Rubén Pereira y como secretaria académica la Lic. Mirna Monzón.